A transformação direta consiste no uso de métodos químicos, físicos e biológicos.

Biolística, eletroporação e microinjeção são métodos desenvolvidos a fim de obter eventos de transformação indiretos e independentes do genótipo.

A biolística é também conhecida como gene gun (arma de genes), aceleração de partículas ou bombardeamento com micropartículas consiste em bombardear células ou tecidos com micropartículas de tungstênio ou ouro carregando o DNA exógeno.

A eletroporação é um método desenvolvido como forma de auxiliar e refinar à transformação via Agrobacterium.

A microinjeção é um processo preciso e específico para a introdução de macromoléculas dentro de uma célula ou compartimentos específicos dela, de maneira não letal. As células devem estar intactas para introdução do material exógeno.