Deve existir especial atenção nos procedimentos cirúrgicos não-cardíacos em portadores de comunicação interatrial, mesmo pequena, pela possibilidade de embolia paradoxal.

Os portadores de comunicação interventricular pequena, com menos de 50 anos, caso já apresentem discreta repercussão clínica e hemodinâmica, apresentam indicação formal de tratamento cirúrgico.

Existe sempre a necessidade de profilaxia em relação à endocardite infecciosa em qualquer tipo de comunicação intercavitária.