A coleta de material vegetal em avançando estágio de infecção não dificulta o isolamento da bactéria fitopatogênica.

Para isolamento de algumas espécies de bactérias fitopatogênicas, a realização da etapa de desinfestação com hipoclorito de sódio ou hipoclorito de cálcio, durante o isolamento indireto, é dispensável ou não recomendada.

Após a coleta do material vegetal, ele deve ser acondicionado em saco plástico e transportado ao laboratório.

A adição de antibiótico antifúngico ao meio de cultura, utilizado para o semeio do macerado durante o processo de isolamento indireto, não é recomendada, para não interferir no desenvolvimento bacteriano.

Bactérias pectinolíticas não podem ser isoladas pelo método de isolamento seletivo em pimentão.