Quanto à causa desencadeante, a auditoria classifica-se em especial e funcional.

Quanto ao nível realizador, a auditoria classifica-se em central ou regional.

Quanto ao tipo de auditoria, a mesma classifica-se em objetiva ou subjetiva.

A auditoria orientadora verifica o grau de satisfação do usuário do SUS.

Quanto à consequência da ação, a auditoria classifica-se em preventiva e orientadora.