A clozapina deve ser indicada em todos os casos de esquizofrenia refratária em que não haja nenhuma contraindicação específica ao fármaco, no entanto exigem-se cuidados no seu manejo quanto a possíveis efeitos colaterais graves, como redução de leucócitos totais, que se relaciona à agranulocitose, e aumento de eosinófilos associados à febre, que pode ser relacionado à cardiotoxicidade.