Beads magnéticas revestidas com material que se liga ao RNA ou DNA são usadas para purificação fácil e com alta pureza, entretanto, o custo é relativamente alto e necessita de equipamento específico.

A escolha do método de extração independe do tipo de amostra, da quantidade de DNA ou RNA obtida para ensaios subsequentes, pois são métodos padronizados e que apresentam igual eficácia.

O método de extração com fenol-clorofórmio é amplamente usado em muitos laboratórios devido sua eficácia, porém, apresentam alto custo quando comparados com outros métodos de extração.

Os métodos que utilizam kits comerciais baseados em colunas de sílica são simples e rápidos, porém, apresentam alto teor de contaminantes, após eluição dos ácidos nucleicos com tampão de baixa salinidade.

Colunas de gel filtração de fase reversa são ideais para a extração de DNA e RNA de amostras biológicas, pois apresentam alto grau de purificação, rendimento e baixo custo comparativamente aos demais métodos.