Materiais críticos são aqueles que penetram através da pele e mucosa adjacentes como, por exemplo, agulhas, lâminas de bisturi, sondas exploradoras, sondas periodontais, materiais cirúrgicos e outros. Tais materiais exigem esterilização ou sejam descartáveis.

A descontaminação é um processo físico ou químico, que destrói microrganismos presentes em objetos inanimados, mas não, necessariamente os esporos bacterianos.

A antissepsia da cavidade oral prévia aos procedimentos odontológicos pode reduzir de 75 a 99,9 % a quantidade de microrganismos na boca do paciente, contribuindo para uma redução significativa nas bacteremias transitórias, responsáveis, por exemplo, pelas endocardites, com o uso prévio de antissépticos bucais à base de clorexidine.

Resíduos infectantes, como gaze ou algodões ou qualquer material contendo sangue ou fluidos corpóreos, curativos, resíduos de cirurgias, modelo de gesso, moldagens e kits para exames, devem ser acondicionados em sacos plásticos de cor branca leitosa, padronizados, com o símbolo de risco biológico e acondicionados em coletores próprios, exclusivos para esse fim.

A autoclavagem dos instrumentais odontológicos é um dos meios de esterilização mais eficientes na clínica odontológica. Para tanto, a temperatura ideal de trabalho está entre 121ºC e 132ºC, para que o vapor sob pressão seja capaz de destruir todas as formas microbianas através de termocoagulação de proteínas. O efeito letal é obtido pela condensação que acarreta liberação de calor latente, precipitação e umidade, penetração em materiais porosos, aquecimento rápido e coagulação de proteínas.