O SNA foi instituído visando o controle dos processos operacionais do SUS, especificamente no âmbito do governo federal.

O processo de auditorias no SUS foi implantado com objetivo único de monitorar e avaliar a satisfação dos usuários do sistema de saúde.

A auditoria em serviços de saúde pública foi criada para tratar, exclusivamente, das questões estruturais do SUS.

A descentralização do SNA visa ao controle dos serviços de saúde pública nos três níveis da administração pública, indo do governo federal até o municipal.

No caso de municípios não habilitados no campo de auditorias em saúde pública, tal função é feita por profissionais do Ministério da Saúde.