A FESEM é utilizada para visualizar secções transversais de qualquer tipo de amostra, fornecendo uma resolução estável de 10 nm. Essa técnica é indicada para a observação de macromoléculas celulares e micropartículas.

Devido ao seu alto poder de penetração nas amostras, a FESEM é usada para visualizar as estruturas internas de um corpo tridimensional, fornecendo uma resolução fixada em 10 nm. É utilizada para observação de microrganismos, fragmentos de tecido e micropolímeros.

A FESEM é utilizada para visualizar as camadas abaixo da superfície das amostras, sendo a única modalidade de microscopia eletrônica capaz de realizar esse tipo de análise em um corpo tridimensional.

A FESEM é usada para interpretar características atômicas das amostras, tais como atração e repulsão nucleares e diâmetro das eletrosferas. É indicada para análises com resoluções de 1 :m. E A FESEM é adequada para visualizar detalhes topográficos pequenos na superfície de amostras inteiras ou fracionadas.

indicada para observação de estruturas que podem ser menores que 1,5 nm, podendo ser empregada para o estudo de organelas celulares, material genético, polímeros sintéticos, revestimentos de microchips, entre outros.