O COFECI é constituído por 5 (cinco) representantes de cada Regional — sendo 3 (três) efetivos e 2 (dois) suplentes, eleitos dentre seus membros efetivos para um mandato de 3 (três) anos, designados como Conselheiros Federais.

A estrutura organizacional do COFECI compõe-se de Plenário; Câmaras Recursais; Diretoria; Conselho Fiscal; Comissões e Grupos de Trabalho.

O Plenário é composto por 3 (três) representantes de cada Regional.

Compete à Diretoria eleger os integrantes do Conselho Fiscal, dentre seus membros efetivos, em votação ostensiva ou, não havendo contestação nem competidores, elegê-los por aclamação.