Segundo o STF, o Poder Judiciário tem competência para dispor acerca da especialização de varas, ainda que haja impacto orçamentário, já que possui autonomia orçamentária, e a matéria se insere na organização da organização judiciária dos tribunais, não restrita ao campo de incidência exclusiva da lei.

Após a aquisição da vitaliciedade, todo e qualquer magistrado somente poderá perder o cargo por decisão judicial transitada em julgado.

O Conselho da Justiça Federal funciona junto ao STJ, cabendo-lhe a supervisão administrativa e orçamentária da justiça federal de primeiro e segundo graus, como órgão central do sistema e com poderes de correição, cujas decisões são dotadas de caráter vinculante.

Na hipótese de grave violação de direitos humanos, o procurador-geral da República ou o advogado-geral da União, com a finalidade de assegurar o cumprimento de obrigações decorrentes de tratados internacionais de direitos humanos dos quais o Brasil seja parte, poderão suscitar, perante o STJ, incidente de deslocamento de competência para a justiça federal.

Consoante o STF, no concurso de crimes, a competência criminal da justiça federal para um deles não tem a força de atrair o processo dos crimes conexos.