O IF SERTÃO-PE, nos termos da Lei nº 11.892, de 29/12/2008, possui natureza de autarquia federal, o que afasta a sua autonomia quanto às questões patrimonial, financeira, didático-pedagógica.

O Conselho Superior e o Colégio de Dirigentes são órgãos máximos do IF SERTÃO-PE, possuindo, ambos, competências consultivas e deliberativas, estando subordinadas ao Reitor da Instituição.

O IF SERTÃO-PE é organizado em estrutura multicampi, composta pela Reitoria e mais sete Campi, sendo a Reitoria o órgão central, o qual reúne a proposta orçamentária para as demais unidades, inclusive no que diz respeito a pessoal, encargos sociais e benefícios aos servidores.

Dentre os objetivos dos Institutos Federais se inserem, entre outros, ministrar cursos de formação continuada, cursos de pós-graduação lato sensu de aperfeiçoamento e especialização, e cursos de pós-graduação stricto sensu de mestrado e doutorado, que contribuam para promover o estabelecimento de bases sólidas em educação, ciência e tecnologia.