Aggregatibacter actinomycetemcomitans e Porphyromonas gingivalis, que ocorrem em cerca de 40 a 50% dos casos.

as bactérias Psittacula intermedia e Porphyromonas gingivalis, presentes em 100% dos casos com bolsa periodontal.

os agentes subgengivais Fusobacterium nucleatum e Actinobacillus actinomycetemcomitans, que estão presentes em 100% dos casos.

as micobactérias e Helicobacter pylori, presentes nos casos de periodontite agressiva juvenil.

os micro-organismos Candida albicans e Histoplasma capsulatum, presentes em 60% dos casos relacionados com a Síndrome de Sjögren.