As espécies cultivadas ou mantidas nos sistemas agroflorestais são as mais diversas possíveis e, de modo geral, podem ser classificadas em diversos grupos. Existe uma categoria de espécies que são funcionais (preferencialmente perenes ou semiperenes) na prestação de serviços, principalmente em termos de sustentabilidade ambiental do sistema produtivo, como solo, água, planta e animais. Essas espécies são denominadas: