O IFPR é um órgão público vinculado e dependente financeiramente do Ministério da Educação, possui natureza jurídica pública, sendo, portanto, autônomo nos aspectos administrativo, didático-pedagógico e disciplinar.

São órgãos colegiados superiores da administração do IFPR o Conselho Superior (CONSUP) e o Colégio de Dirigentes (CODIR). O CONSUP tem caráter consultivo, sendo o órgão de apoio ao processo decisório da Reitoria. O CODIR é o órgão máximo normativo, consultivo e deliberativo, nas dimensões de planejamento, acadêmica, administrativa, financeira, patrimonial e disciplinar do IFPR.

São órgãos de assessoramento no IFPR o Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (CONSEPE), o Conselho de Administração e Planejamento (CONSAP), o Colégio Dirigente do Campus (CODIC), a Comissão Permanente do Pessoal Docente (CPPD), a Comissão Interna de Supervisão da Carreira dos Técnico-Administrativos (CIS), a Comissão Própria de Avaliação (CPA), o Comitê Gestor de Segurança da Informação (CGSI) e o Comitê Diretivo de Tecnologia da Informação e Comunicação (CDTIC).

A Auditoria Interna, a Ouvidoria, o Serviço de Informação Cidadão (SIC), a Comissão de Ética Pública (CEP) e a Procuradoria Federal são os órgãos encarregados da execução e da Administração Geral do IFPR.

Constituem-se em órgãos de controle no IFPR a Reitoria e as seguintes Pró-Reitorias: Pró-Reitoria de Administração, Pró-Reitoria de Ensino, Pró-Reitoria de Extensão, Pesquisa e Inovação, Pró-Reitoria de Gestão de Pessoas e Pró-Reitoria de Planejamento e Desenvolvimento Institucional. Cada Pró-Reitoria, para a consecução das atividades que lhes são peculiares, dispõe de um gabinete e de diretorias correlatas à respectiva área de atuação.