O mecanismo de ação do flúor deve-se ao fornecimento em alta frequência e em baixa concentração, sendo importante sua presença em níveis constantes na cavidade bucal.

A presença de flúor no meio ambiente bucal não reduz a perda de minerais, consequentemente, não interfere diretamente na desmineralização do esmalte.

A frequência da aplicação tópica do flúor está condicionada à atividade cariogênica do paciente, bem como ao comportamento das lesões de cárie ao longo da execução do tratamento.

Existem três modos de aplicação do gel de flúor: com algodão sob isolamento relativo, moldeira e escova. O modo de aplicação não influencia no potencial de inativação da lesão ativa, porém está associado ao grau de segurança com relação à intoxicação.