A análise de amostras em lâminas coradas por Coloração de Gram é suficiente para identificar os diferentes gêneros de bactérias, não sendo necessário inocular as amostras em meios de cultura.

A Coloração de Gram é utilizada para diferenciar bactérias de acordo com a presença ou ausência de flagelos. Bactérias com flagelos são gram-positivas; bactérias sem flagelos são gram-negativas.

Todas as espécies de fungos são identificadas pelas suas características morfológicas macroscópicas, não sendo necessário realizar análises microscópicas.

Apesar de amplamente utilizada em pesquisa, a técnica de PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) não é utilizada para o diagnóstico e a identificação de parasitos, fungos e bactérias.

O método de sedimentação espontânea é amplamente utilizado em parasitologia para a separação e identificação de ovos, larvas e cistos.