É necessário distinguir o TEA do Transtorno do déficit de atenção com hiperatividade (TDAH), todavia, a comorbidade de TEA e TDAH é muito frequente e são comumente diagnosticadas juntas.

É necessário distinguir o TEA das dificuldades acadêmicas e de processamento cognitivo associadas com esquizofrenia ou psicose, porque, no caso destes transtornos, ocorre um declínio (frequentemente rápido) nos domínios funcionais.

É necessário distinguir o TEA de problemas de aprendizagem associados a transtornos cognitivos neurodegenerativos, porque no TEA a expressão clínica de dificuldades específicas de aprendizagem ocorre durante o período do desenvolvimento, e as dificuldades não se manifestam como um declínio acentuado a partir de um estado anterior.

É necessário distinguir o TEA de dificuldades gerais de aprendizagem associadas a deficiência intelectual, porque as dificuldades para aprender do TEA ocorrem na presença de níveis anormais de funcionamento intelectual.

É necessário distinguir o TEA de variações normais no desempenho acadêmico devido a fatores externos, como por exemplo falta de oportunidade educacional.