Os antipsicóticos de segunda geração têm eficácia comparável a dos antipsicóticos de primeira geração no tratamento dos sintomas positivos da esquizofrenia, mas são superiores aos antipsicóticos de primeira geração no tratamento dos sintomas negativos da esquizofrenia.

Antipsicóticos de segunda geração estão mais associados a ganho de peso, hiperlipidemia, resistência à insulina, início de diabetes melito e intervalo QT prolongado do que antipsicóticos de primeira geração.

Com exceção da risperidona, os antipsicóticos atípicos causam menos hiperprolactinemia do que os antipsicóticos de primeira geração.

Todos os antipsicóticos de primeira geração apresentam a mesma probabilidade de causar discinesia tardia.

A retirada total de antipsicóticos está associada a uma taxa de recaída de até 75% após dois anos.