O tempo mínimo para a manutenção de prontuários e outros documentos odontológicos em suporte de papel são 30 anos desde a data do último registro, porém recomenda-se guardar os prontuários indefinidamente.

Passado o tempo previsto em lei para a guarda do prontuário, o CD pode eliminá-lo, em processo que resguarde a intimidade do paciente e o sigilo e a confidencialidade das informações, mas não pode devolvê-lo ao paciente.

O CD pode negar ao paciente acesso a seu prontuário e deixar de lhe fornecer cópia quando solicitada segundo seu juízo, mesmo que isso não traga risco ao paciente ou a terceiros.

O paciente pode alegar em processos judiciais vício oculto (defeito que só se manifesta após certo tempo), onde o CD pode precisar do prontuário depois do prazo previsto em lei. O prazo prescricional se inicia a partir do momento em que o vício pôde ser detectado pelo consumidor – o que pode levar mais de 10 anos.

Os métodos de digitalização de prontuários devem reproduzir todas as informações contidas nos documentos originais. Porém, os documentos originais só poderão ser destruídos após a sua digitalização passado o tempo estabelecido em lei.