A técnica da PCR permite, atualmente, a identificação de indivíduos, para a exclusão/inclusão de suspeitos ou identificação de corpos em desastres. Outra aplicação possível é a verificação da freqüência gênica em determinadas populações.

A técnica da PCR requer o conhecimento prévio da seqüência do ácido nucléico que se deseja amplificar.

O fato de que todo organismo vivo possui seqüências de nucleotídeos no DNA, que são únicas e específicas para cada espécie, dificulta a utilização da PCR.

A PCR encontra sua principal aplicação em métodos que necessitam de uma quantidade de DNA maior que a disponível.