A Copa do Brasil 2006 será disputada em seis fases, com partidas de ida e volta. Os sessenta e quatro clubes da primeira fase serão distribuídos em trinta e dois grupos, com dois clubes cada. Os trinta e dois clubes classificados para a terceira fase passam a dezesseis, depois oito na quarta fase, saindo quatro semi-finalistas. Os dois classificados fazem a grande final. O processo da disputa da Copa do Brasil é denominado