A estrutura administrativa do IPAJM é composta pela presidência executiva, com sua estrutura organizacional, pelo conselho administrativo, pelo conselho fiscal e pelo conselho de contribuintes.

O conselho administrativo será presidido pelo presidente executivo do IPAJM, em exercício, que é seu membro nato e tem direito a votar em primeiro lugar.

Os membros do conselho fiscal têm mandato de dois anos, sendo vedada a recondução.

O conselho de contribuintes tem a participação dos segurados da ativa e aposentados, de reconhecida capacidade e experiência comprovada, nas áreas de administração, economia, finanças, atuária, contabilidade, direito ou engenharia, designados por ato do chefe do Poder Executivo estadual.

O presidente executivo do IPAJM, que ocupa cargo em comissão com prerrogativas e subsídio equivalentes ao de secretário de Estado, deve ter nível superior de escolaridade e ser nomeado para mandato que coincidirá com o do chefe do Poder Executivo estadual.