Os depósitos de lixo possuem resíduos sólidos de atividades domésticas, hospitalares, industriais e agrícolas. A composição do lixo depende de fatores como nível educacional, poder aquisitivo, hábitos e costumes da população. Entre os principais impactos nos sistemas hídricos está o acúmulo deste material sólido em galerias e dutos, impedindo o escoamento do esgoto pluvial e cloacal.

As águas que compõem o esgoto doméstico compreendem as águas utilizadas para higiene pessoal, cocção e lavagem de alimentos e utensílios, além da água usada em vasos sanitários. Os esgotos domésticos são constituídos, primeiramente, por matéria orgânica biodegradável, micro-organismos (bactérias, vírus etc.), nutrientes (nitrogênio e fósforo), óleos e graxas, detergentes e metais

Os curtumes são os principais poluentes de áreas rurais e desta indústria geram resíduos como o nitrogênio e o fósforo, que são nutrientes para as plantas. Os principais poluentes dessa atividade agrícola são os defensivos químicos empregados no controle de pragas específicas, destruindo, indiferentemente, espécies nocivas e úteis. Estes são extremamente tóxicos, mas instáveis, podendo causar danos imediatos; mas não causam poluição a longo prazo.

A celulose encontra-se entre os poluentes da indústria de papel. Dentre os resíduos gerados estão a matéria orgânica e os compostos organoclorados que não são biodegradáveis e podem ser incorporados à cadeia alimentar e serem tóxicos aos organismos vivos, quando ultrapassam determinadas concentrações. Na maioria dos casos, estes compostos químicos não são detectados nas análises químicas comuns da água, mas são acumulados pelos moluscos bivalves e detectados nos seus tecidos, ou seja, devem ser utilizados bioindicadores para detectá-los.