Para os pacientes que fazem uso de anticoagulantes, as injeções intramusculares devem ser adotadas, sempre que possível.

Pacientes que já recebem uma terapia antibiótica de longo prazo, quando for recomendado um antibiótico para a profilaxia da endocardite bacteriana para a realização de procedimentos odontológicos, é mais prudente selecionar um antibiótico do mesmo grupo farmacológico e aumentar a dose deste antibiótico .

De acordo com o Protocolo de 2007 (AHA) a amoxicilina é a escolha preferida para terapia via oral, pois é bem absorvida no trato gastrointestinal e proporciona concentrações séricas altas e sustentadas.

Para indivíduos que são alérgicos à penicilina ou amoxicilina, o uso de gentamicina, tetraciclina ou lincosamida é recomendado.