O acesso ao sistema de tratamento de esgoto é o maior problema de saneamento básico no Brasil, pois todos os domicílios urbanos do Brasil têm acesso à rede de água e à coleta de lixo.

O sistema de esgoto é composto pela parte de coleta e pela parte de tratamento, em que o esgoto tratado é lançado no lençol freático, provocando contaminação da água subterrânea.

Por contar com vários microrganismos infecciosos, medidas de segurança devem ser tomadas antes da construção da fossa séptica, por exemplo, não ser instalada próxima a poço artesiano

O tipo mais comum, na zona rural brasileira, de destino do esgoto doméstico é a fossa, que é usada na adubação das plantações.

A poluição hídrica decorrente do esgoto industrial foi extinta no Brasil, desde a obrigatoriedade da instalação da estação de tratamento de esgoto nas cidades.