A quantificação de DNA em gel de agarose é uma técnica de menor precisão, comparada a eletroforese em acrilamida, sendo utilizada como instrumento para averiguação de êxito na etapa de extração.

A eletroforese em gel de agarose é usada para separar proteínas de tamanhos diferentes, que podem ser detectadas por fluorescência.

A identificação dos fragmentos amplificados de DNA não pode ser realizada em gel de poliacrilamida.