A coloração histoquímica tem por princípio contrastar as estruturas celulares e teciduais para sua posterior visualização microscópica. Para isso, são utilizados corantes, que são moléculas químicas com sistemas de elétrons deslocalizados, conjugados com ligações duplas, contendo dois grupos distintos: os cromóforos e os auxocromos.
Na coloração histoquímica, certos componentes teciduais combinam-se com o corante para produzirem uma cor diferente da cor original do corante. Esses componentes também adquirem coloração diferente do resto do tecido corado, num fenômeno denominado