A infecção herpética recorrente e a ulceração aftosa recorrente, entidades com etiologia diversa, apresentam características clínicas semelhantes. Embora possam atingir qualquer mucosa, a primeira atinge mais freqüentemente a mucosa ceratinizada aderida ao periósteo, a mucosa palatina e a gengiva inserida, ao passo que a segunda atinge preponderantemente a mucosa frouxa, não aderida ao periósteo.