Podem ser divididas em primárias, causadas por agentes infecciosos, e em secundárias, por reações imunológicas.

Os arbovírus e o micoplasma podem desencadear encefalites.

O eletroencefalograma apesar de específico não é relevante, uma vez que não avalia a disfunção cerebral de forma precoce.

A ressonância nuclear magnética é o exame imaginológico mais sensível e mais específico; entretanto, um exame normal não exclui o diagnóstico.