A pesquisa estatística é dividida em duas etapas: a primeira coleta informações sobre os estabelecimentos de ensino, gestores, turmas, alunos e profissionais escolares em sala de aula, enquanto a segunda coleta informações sobre o movimento e o rendimento escolar dos alunos ao final do ano letivo.

O Censo Escolar é conduzido apenas pelas secretarias estaduais e municipais de educação, sem a participação do Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep).

O Censo Escolar é realizado anualmente e a declaração é obrigatória para todas as escolas públicas e privadas do país.

O Censo Escolar é uma pesquisa com caráter declaratório e é regulamentado por instrumentos normativos que instituem a obrigatoriedade, os prazos, os responsáveis e suas responsabilidades, bem como os procedimentos para a realização de todo o processo de coleta de dados.