O CNJ tem competência originária e exclusiva para receber e conhecer das reclamações contra membros ou órgãos do Poder Judiciário, inclusive contra seus serviços auxiliares, serventias e órgãos prestadores de serviços notariais e de registro que atuem por delegação do poder público. Significa dizer que o CNJ tem autonomia para investigar e punir juízes e servidores do Poder Judiciário, em detrimento das corregedorias dos tribunais aos quais os servidores e magistrados pertençam, sobre as quais o CNJ tem precedência.

O CNJ é competente para exercer o controle da atuação administrativa e financeira do Poder Judiciário e do cumprimento dos deveres funcionais dos juízes, podendo, até mesmo, aplicar pena mais gravosa que a imposta pelos tribunais respectivos em processos disciplinares. Não cabe ao STF rever o mérito das decisões exaradas pelo CNJ, mas tão somente verificar a legalidade dos atos e procedimentos do CNJ no exercício legítimo de sua função constitucional.

A Defensoria Pública, embora seja uma instituição permanente, essencial à função jurisdicional do Estado, não possui legitimidade ativa para ajuizar ação civil pública, que é de legitimidade exclusiva do MP.

Os MPs dos estados e do Distrito Federal têm legitimidade para interpor recursos para o STF e para o STJ em processos da sua atribuição, ressalvada a atuação do Ministério Público Federal, que em qualquer caso poderá atuar nos tribunais superiores.

Enquanto chefe do Ministério Público da União (MPU) nomeado pelo presidente da república, o procurador-geral da República tem iniciativa dos projetos de lei que versem sobre a organização, as atribuições e o estatuto do MPU, com exceção do Ministério Público Militar, cuja organização compete ao procurador-geral da justiça militar.