A quantificação de DNA em gel de agarose é uma técnica de menor precisão, comparada a eletroforese em acrilamida, sendo utilizada como instrumento para averiguação de êxito na etapa de extração.

A eletroforese em gel de agarose é usada para separar proteínas de tamanhos diferentes, que podem ser detectadas por fluorescência.

A identificação de partes amplificadas de DNA não pode ser realizada em gel de poliacrilamida.

A eletroforese consiste na migração das partículas de uma solução coloidal sob a influência de um campo magnético onde a polaridade negativa atrai as moléculas.

DNA e RNA apresentam carga geral total positiva, devido aos seus grupamentos fosfato do arcabouço e, consequentemente, quando aplicados em gel de agarose ou poliacrilamida, migram em direção ao ânodo.