A Administração Universitária ocorre exclusivamente sob a coordenação e supervisão da Reitoria.

Os órgãos da administração superior da UFSM são: I - de deliberação coletiva: Conselho Universitário, Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão e Conselho de Curadores; II - de execução: Reitoria.

O Conselho Universitário (CONSU) é órgão consultivo para realização dos planos acadêmicos e elaboração de planos de atividade da Pró-Reitoria.

O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (CEPE) possui normas de funcionamento estabelecidas por lei geral e ordinária.

O Conselho de Curadores é órgão superior consultivo da Universidade Federal de Santa Maria, possuindo como atribuição exclusiva tratar de todos os assuntos de ensino, pesquisa e extensão.