Mecanismos de criptografia são usados para prover autenticação, confidencialidade e integridade nas transmissões entre cliente e servidor SSH.

Comunicações ocorrem tipicamente via conexões TCP usando a porta 22, e a segurança nativa provida pelo protocolo TCP.

Um túnel de comunicação criptografado formado entre o cliente e o servidor pode ser usado para diferentes canais lógicos, como para uma sessão de shell ou o encaminhamento de conexões X11.

O protocolo permite a negociação de parâmetros de encriptação, de integridade e de troca de chaves, além de algoritmos de chave pública.

A configuração do servidor SSH permite a restrição de acesso a usuários autorizados e o uso de diferentes formas de autenticação, como senhas e chaves de criptografia assimétrica.