A incorporação da intersetorialidade nas políticas públicas trouxe a desarticulação de saberes técnicos, já que os especialistas em determinada área passaram a integrar agendas coletivas e compartilhar objetivos distintos.

A intersetorialidade não é só um campo de aprendizagem dos agentes institucionais, mas também um caminho ou processo estruturador da construção de novas respostas, novas demandas para cada uma das políticas públicas.

A intersetorialidade apresenta dimensões que não podem ser combinadas, ou seja, nem a setorial e nem a intersetorial, pois apresentam princípios distintos que regem essa relação.

A intersetorialidade passou a ser um dos requisitos para a implementação das políticas setoriais, visando sua efetividade por meio da articulação entre instituições governamentais e entre essas e o mercado.

Existem algumas dificuldades para a intersetorialidade no que se refere à crescente especialização do poder público e a tendência de minimização do desempenho de cada um dos órgãos do setor estatal.