O Programa foi criado em 2013 com o objetivo de suprir a carência de médicos nos municípios do interior e nas periferias das grandes cidades do Brasil.

Com a suspensão do envio de médicos cubanos para o Brasil, em 2017, as vagas foram ofertadas a médicos estrangeiros de outras nacionalidades.

O Programa foi recebido de forma negativa pelas entidades medicas que convocaram manifestações e paralisações em forma de protesto, apesar da boa receptividade da Organização Mundial de Saúde.

O acordo de cooperação entre Brasil e Cuba para o Programa Mais Médico foi intermediado pela Organização Pan-Americana de Saúde.