A detecção da fluorescência durante a reação da polimerase em cadeia em tempo real (PCR em tempo real) é baseada exclusivamente na utilização do intercalante de DNA Syber Green ou intercalantes similares, não havendo a possibilidade de utilização de sondas de DNA específicas para um determinado gene.

No PCR em tempo real é possível comparar a expressão de um gene regulado, isto é, aquele cuja expressão varia ao longo do tempo, a partir do processo de normalização com um gene constitutivo, isto é, um gene cuja expressão não varia ao longo do tempo ou tratamento.

No PCR, na primeira etapa do ciclo, a temperatura é elevada a 94°C para a separação da fita dupla de DNA. Após o anelamento dos primers em temperatura reduzida, na última etapa do ciclo, a temperatura é elevada a 72°C para que a enzima Taq polimerase possa realizar a extensão; em seguida um novo ciclo é iniciado. Normalmente, são realizados de 25 a 40 ciclos para cada reação.

Dentre as diversas aplicações do PCR destacam- se o teste de paternidade, o diagnóstico de doenças infecciosas e a amplificação de genes oriundos de bibliotecas de cDNAs.

Após a realização do PCR convencional, a eletroforese em agarose é o método mais utilizado para visualização dos fragmentos de DNA. Após a corrida eletroforética, o gel é corado com brometo de etídeo ou substância similar intercalante de DNA e observado em transiluminador.