A integridade do RNA total extraído pelo protocolo que utiliza fenol e sais de guanidina não pode ser verificada em géis de agarose comum, mas sim apenas em géis tratados com agentes inibidores de RNase.

Considerando-se que dois géis de agarose, ambos a 0,8% em TAE, com as seguintes dimensões: 0,4 cm × 10,0 cm × 5,0 cm e 0,4 cm × 15,0 cm × 5,0 cm, sejam submetidos, separadamente, à eletroforese em uma mesma cuba, a voltagem a ser aplicada no segundo gel deve ser 50% maior que a aplicada no primeiro.

Os tampões TAE e TBE (Tris-acetato-EDTA e Tris-borato-EDTA, respectivamente) podem ser utilizados para a eletroforese de forma intercambial e simultânea; a escolha entre um ou outro deve ser feita apenas por motivos econômicos.

A escolha entre a utilização de um gel de poliacrilamida ou de agarose baseia-se, principalmente, no tamanho dos fragmentos a serem analisados ou separados, sendo o primeiro utilizado, preferencialmente, para grandes moléculas, e o último para pequenas moléculas.

O DNA tem carga elétrica negativa, então quando submetido a um campo elétrico ele migrará para o polo positivo. O tamanho do DNA determina a taxa na qual ele passa através da matriz do gel, permitindo uma separação efetiva de misturas de fragmentos de tamanhos diferentes.