O processamento de produtos deve seguir um fluxo bidirecional, sempre da área limpa para a área suja.

No CME classe II, a sala de preparo e esterilização e a sala de desinfecção química são consideradas setores sujos.

A área de monitoramento do processo de esterilização deve dispor de sistema para guarda dos registros dos monitoramentos por dois anos.

A sala de armazenamento e distribuição de materiais esterilizados deve ser um local exclusivo, com acesso irrestrito e com ampla área de circulação.

A sala de armazenamento e distribuição de materiais esterilizados no CME classe II tem por finalidade centralizar todo o material esterilizado para posterior distribuição às unidades consumidoras.