As decisões exaradas pelas cortes de contas geram a denominada coisa julgada administrativa, insuscetível ao exame de legalidade pelo Poder Judiciário.

Embora auxiliem o Poder Legislativo na fiscalização, os tribunais de contas possuem autonomia administrativa, financeira e funcional, dispondo de relação hierárquica com os poderes instituídos.

Em sua função consultiva, as cortes de contas estaduais emitem pareceres técnicos prévios e respondem a consultas de autoridades legitimadas a orientar a aplicação de leis, funcionando como mecanismo de controle preventivo.

As decisões proferidas pelos tribunais de contas possuem força de título executivo judicial, o que aumenta a efetividade da corte na cobrança dos débitos e multas impostos.

Um quinto das vagas de conselheiros dos tribunais de contas estaduais deve ser preenchido por indicação do governador do estado.