As etapas de higiene e sanitização devem abranger as pessoas, as instalações, os equipamentos e as vidrarias envolvidas no processo de manipulação.

Antes do início e após o término do processo produtivo no laboratório de manipulação, devem ser realizadas as etapas de limpeza, assepsia e descontaminação do local de trabalho, dos materiais e dos equipamentos.

Os métodos de limpeza devem ser claros, descrevendo detalhadamente o passo a passo das atividades a serem executadas, como tempo de enxágue e substância a ser utilizada.

O uso de detergentes-sanitizantes permite reunir o enxágue e sanitização em uma única operação, conferindo ação bactericida, devido ao uso de detergentes alcalinos clorados ou com amônio quaternário.

A assepsia de superfícies, equipamentos e vidrarias é mais eficiente quando utilizado o álcool 98 ºGL do que o 70 ºGL, uma vez que o produto diluído com água purificada perde eficácia.