A depressão respiratória não é uma complicação comum pois a maioria dos pacientes submetidos ao exame não requerem sedação

Quando se faz lavado broncoalveolar, as possíveis complicações são: broncoespasmo, hipóxia, febre, e queda na função pulmonar transitória

O broncoespasmo ocorre mais frequentemente em pacientes asmáticos após o exame. Pacientes com Doença pulmonar obstrutiva crônica quase nunca tem essa complicação

A mortalidade referente as complicações da broncoscopia chegam a até 20% dos pacientes

Sepse é extremamente comum após a broncoscopia flexível diagnóstica para câncer