O Windows Server 2003 possui uma ferramenta de desfragmentação dos discos que realiza a análise dos volumes ou partições e verifica se é necessária ou não a desfragmentação. É possível também realizar a desfragmentação dos discos através do prompt de comando. O comando utilizado para o Windows Server 2003 realizar essa função em um disco rígido cuja unidade seja a letra “C:”, em prompt de comando, é