A purificação por meio de cromatografia de afinidade em coluna de Níquel é a tentativa inicial mais frequente.

A estratégia a ser seguida depende fundamentalmente do tamanho molecular da proteína alvo e é determinada por análises in silico.

Toda proteína recombinante tem como primeiro aminoácido da sequência a formil-metionina e esta é usada como isca para a purificação por cromatografia de filtração em gel.

Glicoproteínas recombinantes, de origem eucarionte e produzidas em Escherichia coli, são facilmente solubilizadas em soluções salinas/aquosas por causa da porção glicídica, o que facilita o pepraro para purificação.