Os recursos referidos no Art. 3º da Lei nº 8.142, de 28 de Dezembro de 1990, serão destinados, pelo menos sessenta por cento, aos Estados, afetando-se o restante aos Municípios.

Os recursos do FNS serão alocados, também, como despesas de custeio e de capital do Ministério da Saúde, seus órgãos e entidades, não mais que da administração direta.

Dentre os recursos do FNS estão alocados os investimentos previstos no Plano Quinquenal do Ministério da Saúde.

Investimentos previstos em lei orçamentária, de iniciativa do Poder Executivo e aprovados pelo Congresso Nacional estão inclusos nos recursos alocados pelo FNS.

A cobertura das ações e serviços de saúde a serem implementados pelos Municípios não está inclusa nos recursos do FNS, apenas Estados e Distrito Federal.