Historicamente, o Ministério da Saúde aplica metade de todos os recursos gastos no país em saúde pública em todo o Brasil, e estados e municípios, em geral, contribuem com a outra metade dos recursos. Além de formular e realizar as ações decorrentes das políticas nacionais de saúde.

Os estados possuem secretarias específicas para a gestão de saúde. O gestor estadual deve aplicar recursos próprios, inclusive nos municípios, e os repassados pela União. O estado atua restritivamente como parceiro para a aplicação de políticas nacionais de saúde, não podendo formular suas próprias políticas de saúde.

O município formula suas próprias políticas de saúde e também é um dos parceiros para a aplicação de políticas nacionais e estaduais de saúde. Ele coordena e planeja o SUS em nível municipal, respeitando a normatização federal.

O gestor estadual coordena e planeja o SUS em nível estadual, não se submetendo à normatização federal. Os gestores estaduais são responsáveis pela organização do atendimento à saúde nos municípios de seu território.