No solo, as bactérias chamadas nitrificantes utilizam os nitratos e os transformam em gás nitrogênio por meio de um processo conhecido como amonização que garante a devolução do nitrogênio à atmosfera.

Bactérias do gênero Rhizobium formam nódulos na região cortical das raízes de algumas plantas leguminosas, onde agem captando o nitrogênio atmosférico e transformando-o em amônia (NH3), que será utilizada pela planta.

A nitrificação ocorre quando organismo decompositores atuam na matéria orgânica nitrogenada, liberando amônia (NH₃) que, ao se combinar com a água do solo, forma o hidróxido de amônio, que se ioniza e produz o íon amônio (NH₄ ⁺) e a hidroxila (OH^-).

Devido à grande abundância de nitrogênio na atmosfera, o gás nitrogênio é utilizado pela maioria dos organismos vivos que fixam e incorporam o nitrogênio atmosférico.