Os corantes utilizados para técnica de coloração histológica geralmente são hidrossolúveis.

Os núcleos coram-se de azul a roxo pela hematoxilina, enquanto o citoplasma e os espaços extracelulares são corados pela eosina, em róseo ou avermelhado.

Geralmente os tecidos se coram no mínimo por dois tipos de corantes em forma sequencial, primeiro o básico e depois o ácido. Os tecidos corados básicos são denominados basófilos e os com ácido são os acidófilos.

É aconselhável sempre filtrar os corantes antes do uso. Se a lâmina ficar muito corada quando passar pela Hematoxilina, pode lavar rapidamente em solução álcool-ácido e, após, em água corrente por 2 minutos.

Em rotina histopatológica, o método mais utilizado de coloração é o Papanicolaou.