Quanto mais longa a sequência reconhecida por uma enzima de restrição, maior o número de fragmentos obtidos na digestão de uma molécula de DNA.

Para realizar a digestão de uma molécula de DNA com várias enzimas, é obrigatório que as reações sempre ocorram em separado.

As enzimas recebem o nome de acordo com a sequência de nucleotídeos por elas reconhecida.

A partir da reação de restrição, os fragmentos de DNA são visualizados após separação por eletroforese em poliacrilamida, transferidos em membrana de nitrocelulose e corados com azul de comassie.

As enzimas de restrição clivam o DNA em sequências específicas, definidas como sítios de restrição.